SMP Muhammadiyah Plus Salatiga didirikan karena di latar belakangi oleh keprihatinan yang mendalam atas merosotnya moral generasi muda pada khususnya dan bangsa pada umumnya, hal tersebut tidak lepas dari model pendidikan kita yang hanya menekankan pada aspek kognitif semata dan kurang dalam menanamkan kharakter dan moral. SMP Muhammadiyah Plus Salatiga berupaya untuk membuat langkah baru dan metode pedididikan yang berbeda dengan sekolah siap pada umum maka Majelis Pendidikan Dasar Menengan Kota Salatiga sepakat membuka pendidikan setingkat SMP, yang kemudian di beri nama SMP Muhammadiyah Plus Salatiga dengan konsep keseimbangan antara pendidikan yang disertai penanaman aqidah yang benar dan kuat, akhlak yang mulia serta wawasan keilmuan yang luas. Selain itu SMP Muhammadiyah Plus Salatiga memberikan life skill yang akan menumbuhkan kemandirian dalam kehidupan sehari-hari.
Setelah menimbang kami beberapa masukan dari berbagai pihak dan tokoh-tokoh masyarakat lainnya, akhirnya kami memutuskan untuk mendirikan Sekolah Menengah Pertama Muhammadiyah Plus Salatiga dengan harapan mudah-mudahan keinginan yang baik dan keluar dari ketulusan hati untuk ikut dalam membangun kecerdasan dan kharakter umat diberikan kemudahan oleh Allah SWT. Muhammadiyah sebagai organisasi besar di Indonesia selama ini telah ikut berperan aktif dalam membenahi kondisi bangsa, khususnya dalam mempersiapkan kader generasi baru, untuk membebaskan bangsa dari keterpurukan akhlak dan mental. Sebagai wujud nyata dari peran serta Muhammadiyah tersebut maka di antaranya SMP Muhammaddiyah Plus Salatiga di Kecamatan Sidomukti Kota Salatiga. Di mana SMP Muhammadiyah Plus Salatiga ini dirancang dengan program yang memiliki keunikan tertentu tanpa meninggalkan kualitas akademik yang ditetapkan pemerintah untuk Sekolah Menengah Pertama (SMP), yang berbasis keseimbangan ilmu umum, ilmu agama dan life skill.